针对您提出的“有证但是员工无证行医怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律合规与医疗安全的重要议题。以下是我对此问题的详细解答：
首先，我们要明确的是，无论医疗机构本身是否持有相关证件，其员工若未取得《医师资格证书》和《医师执业证书》而擅自从事医疗活动，均构成非法行医。这种行为不仅违反了《中华人民共和国医师法》的相关规定，也严重威胁了患者的医疗安全与健康权益。
对于此类情况，处理措施通常包括以下几个方面：
立即停止非法执业活动：一旦发现员工无证行医，医疗机构应立即责令该员工停止所有医疗活动，以防止对患者造成进一步的伤害。
没收违法所得与相关物品：根据《中华人民共和国医师法》的规定，对于非法行医者，应没收其违法所得以及用于非法行医的药品、医疗器械等物品。这有助于切断非法行医的经济来源，并防止其继续危害社会。
处以罚款：非法行医者还将面临罚款的处罚。罚款的金额根据违法所得的多少而定，违法所得不足一万元的，按一万元计算；违法所得超过一万元的，则处以违法所得二倍以上十倍以下的罚款。这样的处罚力度旨在严厉打击非法行医行为，维护医疗市场的正常秩序。
追究刑事责任（如情节严重）：若非法行医行为情节严重，如造成患者严重身体损害或死亡等后果，非法行医者还将面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，将处以有期徒刑、拘役或管制，并处或单处罚金。
此外，对于医疗机构而言，若其员工存在无证行医行为，医疗机构本身也可能因管理不善而承担相应的法律责任。因此，医疗机构应加强对员工的培训与管理，确保所有从事医疗活动的人员均持有合法有效的证件。
最后，我要提醒广大公众，在就医时一定要选择正规的医疗机构，并仔细查看其是否具有《医疗机构执业许可证》等相关资质。同时，也告诫那些企图通过非法行医谋取利益的人，要严格遵守法律法规，切勿以身试法。否则，必将受到法律的严惩。