针对您提出的“双方当事人自行达成的协议怎样申请法院确认”的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

当双方当事人自行达成协议后，若希望进一步增强该协议的法律效力并确保其可执行性，可以选择向人民法院申请司法确认。以下是申请司法确认的具体条件和程序：

一、申请司法确认的条件

1. 双方共同申请： 司法确认必须由双方当事人共同向有管辖权的基层人民法院提出申请。任何一方单独申请将不被受理。

2. 调解协议内容合法： 申请司法确认的调解协议内容必须不违反法律、行政法规的强制性规定，且不得损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。

3. 申请时限： 双方当事人必须在调解协议生效之日起三十日内向人民法院提出申请。逾期将失去申请司法确认的资格。

二、申请司法确认的程序

1. 准备必要材料： 在申请司法确认时，需要提交调解协议原件、双方当事人的身份证明（如身份证、营业执照等），以及与调解协议相关的财产权利证明等证明材料。这些材料将有助于人民法院对调解协议进行审查。

2. 选择管辖法院： 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人可以向以下人民法院提出申请：

   • 人民法院邀请调解组织开展先行调解的，向作出邀请的人民法院提出；
   • 调解组织自行开展调解的，向当事人住所地、标的物所在地、调解组织所在地的基层人民法院提出；
   • 调解协议所涉纠纷应当由中级人民法院管辖的，向相应的中级人民法院提出。

3. 法院审查与裁定： 人民法院收到申请后，将及时对调解协议进行审查。若认为调解协议符合法律规定，将裁定调解协议有效。反之，若认为不符合法律规定，将裁定驳回申请。

三、司法确认的效力

经人民法院依法确认有效的调解协议，将具有强制执行力。一方当事人若拒绝履行或未全部履行，对方当事人有权向人民法院申请强制执行。

四、注意事项

1. 调解协议并非必须申请司法确认才生效，但申请司法确认可以进一步增强其法律效力。
2. 在签订调解协议时，双方当事人应谨慎考虑其内容及后果，以确保自身权益得到有效保障。
3. 若调解协议涉及特定领域（如行政调解等依法设立的具有调解职能的组织调解达成的协议），且符合法定条件，当事人同样可以申请法院进行司法确认。

综上所述，双方当事人自行达成的协议在符合一定条件和程序的情况下，可以向人民法院申请司法确认。这一制度不仅增强了调解协议的法律效力，还为当事人提供了更加便捷、高效的纠纷解决方式。