针对您提出的“分公司签订了工程合同但没拿到总公司备案怎么样处理”这一问题，以下是我的详细解答：
首先，从合同有效性的角度来看，分公司作为总公司的分支机构，在总公司的授权范围内是具备缔约能力的。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，只要合同满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗等条件，那么该合同就是合法有效的。因此，分公司签订的工程合同，在符合上述条件且未超越总公司授权范围的情况下，即使未到总公司备案，其法律效力也是不受影响的。
然而，从管理和法律风险的角度来看，分公司签订的合同未到总公司备案确实可能带来一些问题。一方面，总公司可能无法及时掌握分公司的业务动态，导致决策失误或监督不力，增加经营风险；另一方面，如果分公司超越授权范围签订合同且未备案，总公司可能因未能及时发现和纠正而承担额外的法律责任和经济损失。
针对这种情况，我建议您采取以下措施：
明确授权范围： 总公司应明确分公司的授权范围，确保分公司签订的合同都在授权之内。这样可以在一定程度上避免分公司超越授权范围签订合同的风险。
完善备案制度： 建议总公司建立完善的合同备案制度，要求分公司在签订合同后及时将合同副本或相关备案材料提交给总公司。这样总公司可以及时了解和监督分公司的业务活动，降低潜在风险。
加强风险管理： 总公司应加强对分公司的风险管理，包括定期审计、培训员工等。通过这些措施，可以提高分公司的合规意识和风险意识，降低因合同未备案而带来的潜在风险。
及时沟通与协调： 如果分公司已经签订了工程合同但未备案，建议分公司及时与总公司沟通，说明情况并尽快补办备案手续。同时，总公司也应积极与分公司协调，共同解决可能存在的问题。
综上所述，分公司签订的工程合同未到总公司备案在大多数情况下并不影响合同的合法性，但为了确保合同的顺利履行和降低潜在风险，建议分公司遵循总公司的管理规定及时进行合同备案，并加强与总公司的沟通与协调。