结论：自己公司项目自己施工时，备案合同需根据项目性质（是否必须招标）及施工资质情况，分情况处理，具体如下：

1. 若项目属于必须招标范围，但未招标或中标无效
   根据《招标投标法》第49条，必须招标的项目未招标或中标无效的，合同无效。此时备案合同需先补正招标程序（如重新招标），或通过行政复议/诉讼确认中标效力，再凭合法中标通知书、施工合同等材料，向建设行政主管部门申请备案。若无法补正，可能面临合同无效风险，需重新签订合法合同并备案。

2. 若项目无需招标，或虽需招标但已合法完成

   • 备案材料准备：需提交施工合同（需明确工程范围、工期、质量、价款等核心条款）、中标通知书（如需招标）、施工许可证、公司资质证书（如施工总承包资质）、项目负责人资质证书等。
     
   • 备案流程：向项目所在地建设行政主管部门提交材料，主管部门审核后出具备案证明。部分地区支持线上备案（如通过“工程建设项目审批管理系统”），需按系统提示上传材料。
     
   • 注意事项：合同条款需符合《民法典》第788-799条（建设工程合同专章）及《建筑工程施工发包与承包违法行为认定查处管理办法》，避免出现“未取得资质承揽工程”“转包”“违法分包”等情形，否则备案可能被驳回，甚至面临行政处罚。

3. 若公司无相应施工资质
   根据《建筑法》第26条，承包建筑工程的单位需持有相应资质证书。若公司无资质却自行施工，合同可能因违反法律强制性规定被认定无效，备案无法通过。此时需：

   • 立即停止施工，委托有资质的单位完成剩余工程；
     
   • 与发包方协商解除原合同，重新签订合法分包/转包合同（需发包方同意）；
     
   • 若已实际施工，可依据《建设工程司法解释》第24条，主张按实际工程量结算工程款，但需承担合同无效的过错责任（如赔偿发包方损失）。

建议：备案前务必核对项目是否需招标、公司是否具备资质，合同条款是否合法合规。若对流程或材料有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体项目情况提供详细指导。