结论前置：建设工程合同备案不通过时，应首先明确不通过的原因，然后根据不同原因采取相应的解决措施，以确保合同的合法合规性，并保障自身权益。

一、明确备案不通过的原因

建设工程合同备案不通过可能由多种原因导致，主要包括但不限于以下几点：

1. 资料不齐全或不符合要求：备案机关通常要求提供一系列文件资料，如施工合同文本、中标通知书、承发包双方的资质证书、法定代表人身份证明等。若资料缺失或不符合规定，备案将无法通过。

2. 合同内容违反法律法规：合同条款可能违反了法律法规的强制性规定，如工程价款约定低于成本价、工程质量标准不符合国家相关标准等，这将导致备案不通过。

3. 手续不完善：项目可能未取得必要的审批文件，如建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等，备案机关会因此拒绝办理备案。

4. 备案流程问题：如政府部门工作繁忙、系统故障等，或申请人不熟悉备案流程，未按正确步骤和要求进行申请，也可能导致备案不通过。

二、根据不同原因采取相应措施

1. 资料不齐全或不符合要求：

   • 及时补充与核实：仔细对照备案机关要求的资料清单，迅速补齐缺失的资料，并确保所有提供的资料内容准确无误，与实际情况和其他相关文件一致。

2. 合同内容违反法律法规：

   • 协商修改：与合同相对方进行沟通，对不符合规定的条款进行修改，如重新协商确定合理的工程价款，并签订补充协议。
   • 法律审查：如有必要，可寻求专业法律意见，确保修改后的合同符合法律法规的要求。

3. 手续不完善：

   • 尽快办理审批：了解未取得审批文件的具体原因，按照相关部门的要求积极准备材料，并尽快办理所需的审批手续。
   • 协调沟通：在办理审批过程中遇到困难时，主动与相关部门进行沟通协调，寻求解决方案。

4. 备案流程问题：

   • 熟悉流程：了解并熟悉备案流程，确保按照正确步骤和要求进行申请。
   • 耐心等待或咨询：如因政府部门工作繁忙或系统故障导致备案不通过，可耐心等待或咨询相关部门了解情况。

三、替代方案及后续处理

尽管建设工程合同备案已非强制性要求，但在某些情况下，备案仍能为双方提供一定的权益保障。若无法完成备案，可考虑以下替代措施：

1. 保存合同原件及相关文件：妥善保存施工合同、补充协议、往来函件等文件，作为明确双方权利义务的重要依据。

2. 进行合同公证：通过合同公证增强合同的证明力。双方可携带合同及相关资料到公证处办理公证手续，由公证机构对合同的真实性、合法性进行审查并出具公证书。

3. 密切关注项目进展并保留证据：在工程实施过程中，及时收集和保存与工程有关的各种证据，如工程进度报告、质量检验报告、工程变更通知等，以便在发生纠纷时能够有效维护自己的合法权益。

四、法律后果及风险防范

1. 行政处罚风险：根据相关规定，未按规定办理合同备案的，可能面临责令改正、罚款等行政处罚。因此，应尽快采取补救措施，避免受到处罚。

2. 合同效力争议：虽然未备案本身不直接导致合同无效，但若因未备案引发纠纷，可能影响合同效力的司法认定。因此，在合同签订和履行过程中，应确保合同的合法合规性。

3. 行业监管影响：未备案可能导致项目无法纳入建设主管部门监管体系，影响工程质量安全监督、农民工工资支付保障等制度的落实。因此，应积极配合相关部门的监管工作，确保项目的顺利进行。

综上所述，建设工程合同备案不通过时，应首先明确不通过的原因，然后根据不同原因采取相应的解决措施。同时，应关注未备案可能带来的法律后果和风险，并采取必要的防范措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。