在司法实践中，确实存在股权转让协议整体有效，但支付方式部分无效的判法。以下从多个角度进行详细分析：
- 协议整体有效性的判断依据：
- 主体资格：出让和受让方需具备相应的民事行为能力，法人应依规设立并经营。若双方均符合此条件，则协议在主体资格方面有效。
- 意思表示：协议需为双方自愿、真实的想法，无欺诈、胁迫等情况。若双方意思表示真实，则协议在意思表示方面有效。
- 协议内容：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，不得损害各方权益，也不得违背公序良俗。若协议内容合法合规，则协议在内容方面有效。
- 程序合规：若公司章程对股权转让有特殊规定，需检查转让是否依规进行。若转让程序符合章程规定，则协议在程序方面有效。
当上述条件均满足时，法院一般会确认股权转让协议整体有效。
- 支付方式部分无效的判断依据：
- 支付方式违反法律法规：若支付方式违反了法律法规的强制性规定，如涉及非法资金流转、洗钱等行为，则支付方式部分无效。
- 支付方式损害他人利益：若支付方式损害了国家、集体或第三人的利益，如通过支付方式逃避债务、转移资产等，则支付方式部分也可能被判定为无效。
- 支付方式与协议目的不符：若支付方式与股权转让协议的目的不符，如支付方式过于复杂、不切实际，导致协议无法正常履行，则支付方式部分也可能被视为无效。
当支付方式存在上述情形之一时，法院可能会判定支付方式部分无效，但不影响协议其他部分的效力。
司法实践中的案例：
- 在某些案例中，法院确认了股权转让协议的整体有效性，但同时指出支付方式部分存在违法或不合理之处，因此判定支付方式部分无效。例如，支付方式涉及非法资金流转，或支付方式过于复杂导致协议无法正常履行等。
法律后果与建议：
- 法律后果：若支付方式部分被判定为无效，则双方需重新协商支付方式，或按照法院的判决进行支付。若无法达成一致，可能导致协议无法继续履行，甚至引发新的法律纠纷。
- 建议：在签订股权转让协议时，双方应仔细审查支付方式是否合法合规、是否合理可行。若存在疑问或不确定之处，建议咨询专业律师进行审查和指导，以避免潜在的法律风险。
综上所述，股权转让协议整体有效但支付方式部分无效的判法在司法实践中是存在的。双方在签订协议时应谨慎审查支付方式，确保其合法合规、合理可行。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和指导。