针对您提出的“员工请病假三个月流程上去超了怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当员工病假超过三个月时，企业应首先核实病假的真实性。这可以通过多种方式进行，例如定期探望员工、要求其提供主治医生的联系方式以便进行核实，或者直接前往其就诊医院进行确认。这一步骤至关重要，因为它直接关系到后续处理措施的合法性和合理性。

1. 病假真实性核实：

   • 若经核实病假不真实，那么员工的行为就构成了旷工。此时，企业可以按照自身的规章制度对旷工行为进行处理，这可能包括警告、罚款、甚至解除劳动合同等措施，具体取决于企业的规章制度和旷工的严重程度。

2. 病假真实性确认后的处理：

   • 若病假确实真实，企业则需进一步关注员工是否仍处于医疗期内。根据相关规定，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，会根据其实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。
   • 若员工病假超过三个月但仍在医疗期内，企业不能随意解除劳动合同，而应继续保障其病假权益，包括继续支付病假工资、缴纳社会保险等。

3. 医疗期结束后的处理：

   • 若员工病假超过医疗期，且不能从事原工作也不能从事用人单位另行安排的工作，那么企业可以提前30日通知解除劳动合同，或者支付一个月工资作为代通知金解除劳动合同，并且按其工龄支付经济补偿金。但这一处理必须严格遵循《劳动合同法》的相关规定，确保合法合规。

4. 员工权益保障：

   • 在整个处理过程中，企业应充分保障员工的合法权益，包括病假期间的工资支付、社会保险缴纳、医疗待遇享受等。同时，员工也应积极配合企业的管理和安排，提供真实有效的病假证明和相关资料。

综上所述，当员工病假超过三个月时，企业应首先核实病假的真实性，然后根据实际情况采取相应的处理措施。在整个过程中，企业应严格遵循相关法律法规和政策规定，确保员工的合法权益得到充分保障。同时，员工也应了解自己的权益和义务，积极配合企业的管理和安排。