公司整体变更主体时，员工是否有赔偿，这需要根据变更的具体情况以及劳动合同的履行状况来判断。以下是我从不同角度为你做的详细分析：
一般性变更（如公司名称、法定代表人变更）：
- 当公司仅发生名称、法定代表人等方面的变更时，这种变更通常不会对劳动合同的履行造成实质性影响。因此，在一般情况下，员工无法获得补偿。这是因为《中华人民共和国劳动合同法》第三十三条规定，用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
结构性变更（如公司合并、分立）：
- 若公司因合并、分立等原因导致主体变更，原劳动合同依旧有效，将由继承其权利和义务的用人单位继续履行。然而，如果这种变更导致劳动合同无法继续履行（例如，员工的工作岗位、工作地点等发生重大变化，且双方未能就变更内容达成一致），那么员工可以根据自身的工作年限获得相应补偿。具体补偿标准为：每满一年支付一个月工资；工作六个月以上不满一年的，按一年计算；工作不满六个月的，支付半个月工资。
- 此外，如果用人单位违反规定解除或终止劳动合同，那么用人单位需按照上述标准的二倍向员工支付赔偿金。
劳动合同内容变更：
- 如果公司变更劳动合同内容，且这种变更未经员工同意或损害了员工利益，员工有权拒绝。若公司因此解除劳动合同，属于违法解除，应按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
特殊情况：
- 若公司的变更涉及违法裁员、未提前通知或未支付应得的补偿等情况，员工同样有权要求公司承担相应的法律责任并支付赔偿金。
法律建议：
- 在面对公司主体变更时，员工应首先仔细审查自己的劳动合同，了解变更的具体情况及其对劳动合同的影响。
- 如果员工认为自己的权益受到了损害，应及时与公司沟通，并保留好相关证据（如劳动合同、工资单、沟通记录等）。
- 若沟通无果，员工可以向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任并支付赔偿金。
总之，公司整体变更主体时员工是否有赔偿，需要根据具体情况来判断。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。