针对您提出的工作地与企业注册地不同时，工伤认定应向哪个部门申请的问题，以下是我的详细解答：

当用人单位的注册地与生产经营地不在同一统筹地区时，工伤认定的受理管辖通常遵循以下原则：

1. 参保地优先原则：

   • 如果用人单位已经为员工参加了工伤保险，那么工伤认定申请应当在参保地进行。这是因为工伤保险的缴纳和管理通常与参保地紧密相关，参保地的社保部门对员工的工伤保险情况有更全面的了解。

2. 生产经营地管辖原则：

   • 如果员工在注册地与生产经营地均未参加工伤保险，且用人单位的生产经营地在本市行政区域内，那么工伤认定申请应当由生产经营地所在区的人力资源和社会保障局受理。这里的“生产经营地”指的是用人单位具体生产、经营、办公的所在地，如果员工存在相对固定的工作场所，该工作场所也可视为生产经营地。

3. 特殊情况处理：

   • 如果用人单位的生产经营地涉及本市两个及以上行政区，且区人力资源和社会保障局对受理管辖有争议，那么应当协商处理；协商不成的，可报请市人力资源社会保障局指定管辖。

以您提到的案例为例，吴某在某航运公司的船舶上工作，该船舶长期停经宜昌市长江水域，且案发时已在猇亭云池港口停泊二十余天。吴某在船舶停泊在港口等待卸货过程中发生工伤事故，其实际提供劳动的场所即为宜昌市。由于该航运公司未为吴某缴纳工伤保险，且吴某的工作场所（即生产经营地）在宜昌市，因此吴某向宜昌市人社局申请工伤认定是符合规定的。

综上所述，当工作地与企业注册地不同时，工伤认定的受理管辖主要取决于参保地和生产经营地。如果已参保，则在参保地申请；如果未参保且生产经营地在某市行政区域内，则在生产经营地所在区的人力资源和社会保障局申请。希望这个解答能对您有所帮助。