公司发票虚开不予起诉，法人一般不会有案底。以下是对此问题的详细分析：

一. 案底的形成

案底通常指犯罪记录，是司法机关（包括公安机关、检察院、法院）对犯罪行为进行立案、侦查、起诉、审判并作出生效判决后，所记录在案的个人犯罪情况。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，只有经法院确定有罪，才会在犯罪记录中留下案底。

二. 不起诉的含义

当检察院决定对公司发票虚开行为不予起诉时，意味着案件没有被起诉到法院进行审判。因此，在这种情况下，不存在法院的有罪判决，也就不会在犯罪记录中留下案底。

三. 不起诉记录与案底的区别

虽然不起诉不会留下案底，但在司法系统中可能会有相关的不起诉记录。这种记录不同于案底，它通常不会对个人的日常生活、就业等产生严重影响。然而，具体情况还需根据当地的司法实践和相关规定来确定。

四. 对法人的潜在影响

即使公司发票虚开行为不予起诉，法人也应重视这一行为可能带来的潜在影响。虚开发票是一种严重的违法行为，即使不被起诉，也可能会在公司的信誉和声誉上造成负面影响。此外，如果公司或法人存在其他违法行为或不当行为，仍可能面临法律追责。

五. 建议与总结

我的观点是：公司发票虚开不予起诉时，法人一般不会有案底。但为了避免潜在的法律风险和声誉损失，建议公司及其法人严格遵守法律法规，诚信经营。如有进一步需要，您可以继续咨询我。