在判断“事实清楚，证据充分”时，我们主要依据的是《刑事诉讼法》及相关司法解释的规定。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：
定罪量刑的事实都有证据证明：
- 这意味着对于案件中的每一个关键事实，都必须有相应的证据来支持。这些证据可以是直接证据，如目击者的证言、监控录像等；也可以是间接证据，如物证、书证、鉴定意见等。但无论哪种证据，都必须能够证明案件中的某个或某些关键事实。
据以定案的证据均经法定程序查证属实：
- 证据不仅要有，而且必须经过法定程序的查证属实。这包括证据的收集、固定、保全、审查判断等各个环节都必须符合法律规定。只有经过法定程序查证属实的证据，才能作为定案的依据。
综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑：
- 这是判断“证据充分”的关键标准。它要求我们在综合全案证据的基础上，对所认定的事实进行深入的分析和判断，确保没有符合常理的、有根据的怀疑。特别是在是否存在犯罪事实和被告人是否实施了犯罪等关键问题上，必须确信证据指向的案件结论具有唯一性。
具体判断方法：
- 审查证据的关联性：看证据是否与案件事实有关联，能否证明案件中的某个或某些关键事实。
- 审查证据的合法性：看证据的收集、固定、保全、审查判断等各个环节是否符合法律规定，有无非法取证的情况。
- 审查证据的充分性：看证据是否足以证明案件中的关键事实，有无矛盾或疑问无法排除。
- 综合全案证据进行判断：在审查单个证据的基础上，综合全案证据进行判断，看是否能够排除合理怀疑，得出唯一的案件结论。
举例说明：
- 在一起盗窃案中，如果现场提取到了被告人的指纹，但被告人之前有合理的事由到过现场，且现场还发现了第三人的生物物证，那么就不能仅凭指纹就认定被告人实施了盗窃行为。因为这种情况下存在合理怀疑，即可能是第三人作案。
- 相反，如果在一起故意杀人案中，被告人作了有罪供述，且根据被告人的供述找到了案发现场及被害人尸体、衣物等关键证据，同时这些证据之间能够相互印证，不存在无法排除的矛盾和疑问，那么就可以认定被告人实施了故意杀人行为。
总之，判断“事实清楚，证据充分”是一个复杂而细致的过程，需要我们从多个角度进行审查和判断。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。