“事实清楚，证据确实充分”的认定，主要依据以下标准：
据以定案的证据均查证属实：
- 这意味着所有用于证明案件事实的证据，都必须经过严格的查证过程，确保其真实性和可靠性。证据不能是虚假或伪造的，必须能够经得起法律程序的检验。
案件事实均有必要证据证明，无重要事实遗漏：
- 案件中的每一个关键事实，都必须有相应的证据来支持。不能存在重要事实的遗漏，否则可能导致案件事实的不清晰或不确定。例如，在刑事案件中，犯罪主体、犯罪行为、因果关系等基本构成要件事实必须清楚，不能有模糊或不确定的地方。
证据间及与案件事实的矛盾合理排除，能相互印证形成完整链条：
- 证据之间以及证据与案件事实之间不能存在无法解释的矛盾。所有证据必须能够相互印证，形成一个完整的证据链条，从而支持案件事实的认定。如果证据之间存在矛盾，且无法合理排除，那么就不能认为案件事实已经清楚、证据确实充分。
得出的结论唯一，排除其他可能：
- 根据现有证据，只能得出一个特定的结论，且这个结论是排他的，即排除了其他所有可能性。如果根据证据可以得出多个不同的结论，或者存在其他合理的解释或可能性，那么就不能认为案件事实已经清楚、证据确实充分。
在司法实践中，对“事实清楚，证据确实充分”的认定还涉及以下方面：
对不影响基本构成要件事实的其他事实的处理：
- 实践中，一些不影响基本构成要件事实的其他事实，如犯罪动机、犯罪中的地位以及其他枝节事实，如果不能查清，不应影响对案件基本事实的认定。但在此情况下，可作出有利于被告人的处理，以体现法律的公正和人性化。
对被告人供述的审查：
- 被告人供述作为定案的重要依据，必须通过审查同步录音录像、入所体检证明、讯问当事人等方式，解决好证据的合法性问题。如果存在非法取证的可能性，必须坚决排除相关证据，以确保案件的公正处理。
对零口供或翻供情况下的处理：
- 在被告人零口供或者翻供的情况下，司法机关应强化对客观证据的审查，注重发挥客观证据可靠性、稳定性的优势。同时，可以明确规定犯罪嫌疑人、被告人应对自己的辩解承担一定的证明责任，以促使他们提供真实、可靠的证据。
若案件事实清楚但证据不足，司法机关一般会作出有利于被告的判决。这是因为在刑事诉讼中，认定被告人有罪需达到“证据确实、充分”的标准。如果证据不足，就不能认定被告人有罪，以体现法律的公正和严谨。在民事诉讼中，若一方主张的事实清楚但证据不足，可能会判决该方承担举证不能的不利后果，如驳回其诉讼请求等。
建议：在司法实践中，为了准确认定“事实清楚，证据确实充分”，司法机关应严格遵循上述标准，并注重对客观证据的收集和审查。同时，对于存在争议或疑问的证据，应进行深入的调查和核实，以确保案件的公正处理。如果您在具体案件中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。