针对您提出的“合同三年招标代理费怎么算”的问题，这确实是一个涉及招标代理服务收费计算的复杂问题，需要结合相关法规、项目具体情况以及合同条款来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：
一、招标代理费计费基准的认定
对于采用一次招标三年沿用、分三个年度分别签订合同的项目，招标代理费的计费基准存在两种观点：
按第一年预算或中标价计算： 这种观点认为，由于招标采购的数量只是每一年的，且投标人的投标价也是报出第一年的，因此采购金额应当认定为第一年的预算或中标价。然而，这种观点可能忽略了后续两年合同虽然分别签订，但实际上是基于同一次招标的结果，且中标人的既得利益是三年的合同。
按三年总预算或虚拟中标价计算： 另一种观点认为，虽然招标的是第一年的预算或中标价，但实际后续两年的预算也共同完成了招标。中标供应商的既得利益相当于三年的合同金额，因此应当认定真正的采购金额（虚拟）为三年的总预算或中标价。这种观点更符合项目实际情况，也更能体现招标代理服务的真实价值。
二、续签合同时招标代理费的收取
对于续签合同时是否应该收取招标代理费，这不能一概而论，而需要依据不同情形做出判断：
按一年中标金额分别收取： 如果招标代理费是按一年的中标金额来计价收取的，那么理论上是可以按三年分别收取的。但这种情况下，可能会增加中标人的负担，且不符合招标代理服务一次性完成的实际情况。
按三年总中标金额一次性收取： 业界更倾向于一次性按三年的总中标金额来收取招标代理费。因为招标毕竟是一次招标，后续两年只是续签合同而已，不宜把招标代理费分摊到后续两年。这种做法既符合项目实际情况，也能减少中标人的负担。
三、相关法规和合同条款的遵循
在计算招标代理费时，还需要遵循以下原则：
依照相关法规标准： 招标代理费的收取应符合《招标代理服务收费管理暂行办法》等相关规定。这些规定为招标代理费的收取提供了基本的框架和指导。
结合具体合同条款： 由于“一次采购三年使用”的特殊性，具体的收费方式还需要参照招标文件中的具体要求和合同约定。招标文件和合同中应明确代理费用的收取方式及标准，并随中标、成交结果一并公开。
四、建议
在招标文件中明确： 采购人应在招标文件中明确招标代理费的收取方式及标准，避免后续产生争议。
与代理机构协商： 采购人可以与代理机构就招标代理费的收取方式进行协商，达成双方都能接受的方案。
遵循行业惯例： 在无法明确法规或合同条款时，可以参照行业惯例来处理招标代理费的收取问题。
综上所述，合同三年招标代理费的计算需要综合考虑相关法规、项目具体情况以及合同条款。在计算过程中，应确保招标代理费的收取既符合法规要求，又能体现招标代理服务的真实价值。