招标代理费的计算通常是基于单个合同的中标总金额来进行的，而非多个合同的总金额。这一点可以从实际的招标代理服务收费标准中得以体现。
一、基于单个合同计算的原因
合同独立性：每个招标项目通常对应一个独立的合同，该合同明确了招标人、中标人以及招标代理机构之间的权利和义务。因此，招标代理费作为对招标代理机构提供服务的报酬，自然应当与该合同直接相关。
费用明确性：以单个合同为计算基础，可以确保招标代理费的明确性和可预测性。招标人和中标人都能清晰地了解代理费用的构成和计算方式，有助于减少争议和纠纷。
行业惯例：在招标代理行业中，以单个合同为计算单位是一种普遍的做法。这种做法得到了行业内的广泛认可和遵循，有助于维护市场的公平和秩序。
二、实际案例中的计算方式
以厦门华沧采购招标有限公司的一个招标项目为例，其中标结果公告中明确指出了代理服务收费标准及金额。具体来说，该项目以单个合同包的中标总金额为准，按差额定率累进法计取代理费。这表明，在实际操作中，招标代理费是按照单个合同的中标金额来计算的。
三、特殊情况下的考虑
虽然基于单个合同计算招标代理费是普遍做法，但也存在一些特殊情况需要考虑：
多个合同关联性：如果多个合同之间存在紧密的关联性，例如它们属于同一个大型项目的不同部分，那么招标代理机构可能会与招标人协商，按照多个合同的总金额来计算代理费。但这种情况需要双方明确约定，并体现在合同中。
代理服务范围：如果招标代理机构提供的服务范围超出了单个合同的范畴，例如涉及到了多个合同的协调、管理等工作，那么代理费也可能会相应调整。但同样，这需要双方在合同中明确约定。
四、法律建议
明确约定：在签订招标代理合同时，双方应当明确约定代理费的计算方式和标准。这有助于避免后续的争议和纠纷。
遵循行业惯例：在缺乏明确约定的情况下，双方可以参照行业内的普遍做法和惯例来确定代理费的计算方式。
及时沟通：如果在代理过程中出现了需要调整代理费的情况，双方应当及时沟通并协商解决方案。这有助于维护双方的合作关系和项目的顺利进行。
如果您在招标代理费的计算方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。