工伤认定部门在特定情况下有权认定劳动关系，但这一权力并非绝对，且需遵循相关法律法规和程序。以下是对这一问题的详细分析：

1. 工伤认定部门认定劳动关系的法律依据：

   • 根据原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第五条，劳动保障行政部门在受理工伤认定申请后，有权对双方是否存在劳动关系进行调查核实，并要求相关方配合提供情况和证明材料。
   • 《工伤保险条例》第十八条也明确指出，提出工伤认定申请需提交与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料，这意味着劳动行政部门在工伤认定过程中必须对劳动关系进行判断和确认。

2. 工伤认定部门认定劳动关系的实践意义：

   • 赋予劳动行政部门在工伤认定程序中确认劳动关系的权力，有助于高效、准确地处理工伤认定案件，避免劳动者需要先通过劳动仲裁或民事诉讼来确定劳动关系的繁琐过程，从而降低了维权成本和时间成本。
   • 劳动行政部门在处理劳动纠纷和认定劳动关系方面积累了丰富的经验，其工作人员具备专业的知识和技能，能够对劳动关系是否存在作出准确、专业的判断。

3. 工伤认定部门认定劳动关系的限制：

   • 尽管工伤认定部门在特定情况下有权认定劳动关系，但这一权力并非绝对。当劳动关系存在争议且影响工伤认定时，劳动行政部门会中止工伤认定程序，并告知当事人依法向劳动仲裁部门申请仲裁或向法院提起诉讼，待劳动关系确认后再恢复工伤认定程序。
   • 对劳动争议进行处理主要是仲裁部门的职权，不是工伤认定部门的职权，工伤认定部门不能越权处理。

4. 劳动者在劳动关系认定中的权益保障：

   • 劳动者在工伤认定过程中，如果对劳动关系存在争议，有权向劳动仲裁部门申请仲裁或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
   • 劳动行政部门在工伤认定过程中，会严格遵循相关法律法规和程序，确保工伤认定的准确性和公正性，从而保障劳动者的合法权益。

综上所述，工伤认定部门在特定情况下有权认定劳动关系，但这一权力受到相关法律法规和程序的限制。劳动者在工伤认定过程中，如果对劳动关系存在争议，有权通过合法途径维护自己的权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。