结论：劳动行政部门在工伤认定过程中，确实具有确认员工与企业之间是否存在劳动关系的职权。这一职权是工伤认定的首要环节和前提条件，也是劳动行政部门的法定职责之一。
法律依据与解释
法律法规明确授权：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第九条，以及《工伤保险条例》第五条、第十八条的规定，劳动行政部门被明确赋予了在工伤认定程序中确认劳动关系的职权。
- 原劳动和社会保障部《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第五条，以及最高人民法院行政审判庭《关于劳动行政部门在工伤认定程序中是否具有劳动关系确认权请示的答复》（[2009]行他字第12号），也进一步确认了劳动行政部门在工伤认定中的这一职权。
劳动关系确认的重要性：
- 劳动关系是工伤认定的基础。如果劳动行政部门不具备确认劳动关系的职权，那么工伤认定程序将变得繁琐且漫长，不利于劳动者合法权益的及时保护。
- 赋予劳动行政部门这一职权，有助于高效、准确地处理工伤认定案件，减少当事人的维权成本和行政、司法资源的消耗。
劳动行政部门的专业能力与资源：
- 劳动行政部门作为劳动保障领域的专业机构，积累了丰富的劳动关系认定经验和专业知识。
- 其能够运用专业能力，结合相关证据材料，对劳动关系是否存在作出判断。同时，劳动行政部门还有权进行调查核实，如向有关单位和个人调查取证、询问当事人等，以获取认定劳动关系所需的充分证据。
实际操作中的注意事项
初步审查与确认：
- 劳动行政部门在受理工伤认定申请时，会对申请人提交的劳动关系证明材料进行初步审查。如果劳动关系明确，将直接进行工伤认定。
- 如果劳动关系存在争议，劳动行政部门可能会要求当事人提供进一步的证据或进行调查核实。
非终局性确认：
- 劳动行政部门的劳动关系确认并非终局性的。如果用人单位或劳动者对其认定结果不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 这一规定确保了工伤认定程序的公正性和透明度，也为当事人提供了有效的权利救济渠道。
争议处理途径：
- 当劳动关系存在争议且无法通过初步审查确定时，劳动行政部门会告知当事人通过劳动仲裁或诉讼等法定程序来进一步确认劳动关系。
- 待劳动关系确认后，再恢复工伤认定程序，确保工伤认定的公正性和合法性。
举例说明
假设某员工在工作中受伤，但企业否认与其存在劳动关系。此时，员工可以向劳动行政部门申请工伤认定。劳动行政部门在受理申请后，会对双方是否存在劳动关系进行调查核实。如果劳动行政部门确认双方存在劳动关系，那么将继续进行工伤认定程序；如果劳动关系存在争议且无法确定，劳动行政部门会告知员工通过劳动仲裁或诉讼等途径来确认劳动关系。
总结与建议：劳动行政部门在工伤认定过程中具有确认劳动关系的职权，这是保障劳动者合法权益、提高工伤认定效率的重要措施。如果您在工伤认定过程中遇到劳动关系确认的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。