三方协议中，通常不可以由乙方开票给丙方而丙方收款，这种操作可能存在合规风险，具体需根据协议约定和法律规定判断。以下分情况详细说明：

1. 从协议约定角度：

   • 三方协议的本质是明确三方在某一交易或合作中的权利和义务。如果协议中明确规定了开票方、收款方以及交易的具体流程，那么各方应当严格按照协议执行。
   • 若协议中未明确规定乙方可以开票给丙方而丙方收款，这种操作就可能违反协议约定，引发违约责任。

2. 从法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，发票的开具和收款应当与实际交易相符。即，谁提供服务或商品，谁就应当开具发票；谁接收服务或商品，谁就应当支付款项。
   • 如果乙方开票给丙方而丙方收款，但实际交易是发生在甲方和乙方之间（或甲方与丙方之间，但开票收款流程异常），这种操作就可能构成虚开发票或逃避税收监管等违法行为。

3. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如三方协议中明确约定了代收代付条款，或者存在其他合法的商业理由和证据支持乙方开票给丙方而丙方收款的操作，那么这种操作可能是合规的。但即便如此，也需要确保所有操作都符合相关法律法规的规定，并保留好充分的证据以备查验。

综上所述，在一般情况下，三方协议中不可以由乙方开票给丙方而丙方收款。如果确实存在这种需求，建议提前在协议中明确约定，并确保所有操作都符合相关法律法规的规定。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。