针对您提出的问题，即关于“由自己出资买的房子登记在父亲名下，父亲去世后如何证明该房产与兄弟姐妹无关”的协议问题，以下是我的详细解答：

结论前置

要证明该房产与兄弟姐妹无关，关键在于提供充分的证据来证明房产的实际出资人以及登记在父亲名下的特殊原因，并可能需要通过法律途径如签订协议、遗嘱或诉讼等方式来明确房产的归属。

详细解答

1. 出资证明：

   • 首先，您需要收集所有能够证明您是该房产实际出资人的证据，如银行转账记录、购房合同、收据、发票等。这些证据将作为您主张房产权利的重要依据。

2. 登记原因说明：

   • 接下来，您需要解释为何房产会登记在父亲名下。这可能是由于特殊原因，如避免税收、贷款便利、家庭安排等。了解并说明这一原因有助于增强您主张的合理性。

3. 签订协议：

   • 为了明确房产的归属，您可以与兄弟姐妹签订一份协议，明确说明房产的实际出资人、登记原因以及房产的归属问题。这份协议应当详细、明确，并最好由专业律师起草和见证，以确保其法律效力。

4. 遗嘱或遗赠扶养协议：

   • 如果父亲在世时曾立有遗嘱或遗赠扶养协议，并且其中明确提到了该房产的归属问题，那么这将是一份非常有力的证据。如果遗嘱或协议中未提及该房产，您也可以考虑在父亲健在时与其协商，通过立遗嘱或签订遗赠扶养协议的方式来明确房产的归属。

5. 法律诉讼：

   • 如果兄弟姐妹对房产的归属存在争议，且无法通过协商解决，那么您可能需要通过法律诉讼来维护自己的权益。在诉讼过程中，您将需要提供充分的证据来证明自己的主张，并接受法院的裁决。

6. 其他注意事项：

   • 在处理此类问题时，还应注意遵守相关法律法规和程序要求，如确保协议的合法性、遗嘱的有效性等。同时，也要考虑到家庭关系的和谐与稳定，尽量避免因房产问题而引发家庭矛盾。

综上所述，要证明该房产与兄弟姐妹无关，您需要收集充分的证据来证明房产的实际出资人和登记原因，并可能需要通过签订协议、遗嘱或诉讼等方式来明确房产的归属。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。