当员工因交通事故而不选择走工伤流程，并由公司进行了医疗费用等相关报销后，为了明确双方的权利和义务，建议签订一份《费用报销及后续处理协议》。以下是一份协议的主要内容框架和要点：

1. 协议双方信息：

   • 明确列出员工和公司的全称、联系方式等基本信息。

2. 报销费用明细：

   • 详细列出公司已为员工报销的所有费用，包括但不限于医疗费用、交通费用、误工费用等，并附上相应的发票或收据作为附件。

3. 费用报销条件：

   • 说明公司报销这些费用的前提条件和基础，例如员工同意不走工伤流程、员工承诺不再就同一事故向公司提出其他赔偿要求等。

4. 双方权利与义务：

   • 员工义务：承诺不再就同一交通事故向公司主张任何工伤赔偿或其他相关费用；配合公司提供必要的证明文件；遵守公司的相关规定等。
   • 公司义务：按照协议约定及时足额报销费用；保守员工的个人隐私信息；在协议有效期内不无故变更或解除协议等。

5. 违约责任：

   • 明确双方违反协议时应承担的违约责任，包括但不限于赔偿损失、支付违约金等。

6. 争议解决方式：

   • 约定在协议执行过程中发生争议时的解决方式，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

7. 协议生效与终止：

   • 明确协议的生效条件、有效期限以及提前终止协议的程序和条件。

8. 其他约定事项：

   • 根据具体情况，可以添加其他双方认为必要的约定事项。

在签订协议时，建议双方充分沟通并协商，确保协议内容真实、合法、有效。同时，为了保障双方的权益，建议咨询专业律师对协议进行审核和修改。虽然我是{lawyerName}律师，擅长处理各类法律事务，但在此情况下，我还是建议你在签订前让专业律师把关，以确保协议的严谨性和合法性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。