针对您提出的问题，关于受委托的生产种子的企业未备案的处罚及法律依据，以下是我为您提供的详细解答：

一、处理方式

对于受委托生产种子但未按规定进行备案的企业，县级以上人民政府农业、林业主管部门将责令其改正违法行为，并可以处以罚款。具体罚款金额根据违法情节的严重程度，在二千元至二万元之间裁定。

二、法律依据

1. 主要法律条文：

   • 《中华人民共和国种子法》（2015年修正本）第三十八条规定：种子生产经营者在种子生产经营许可证载明的有效区域设立分支机构的，专门经营不再分装的包装种子的，或者受具有种子生产经营许可证的种子生产经营者以书面委托生产、代销其种子的，不需要办理种子生产经营许可证，但应当向当地农业、林业主管部门备案。
   • 同法第八十条进一步规定：违反本法第三十八条的规定，即种子生产经营者在异地设立分支机构、专门经营不再分装的包装种子或者受委托生产、代销种子，未按规定备案的，由县级以上人民政府农业、林业主管部门责令改正，并处以罚款。

2. 具体处罚案例：

   • 以北镇市鑫沣农业有限公司为例，该公司因受委托生产种子未按规定备案，被北镇市农业农村局依据《中华人民共和国种子法》第七十九条第一款第五项的规定，责令立即改正违法行为，并罚款2500元。

三、建议与注意事项

• 及时备案：受委托生产种子的企业，在签订委托生产协议后，应尽快向当地农业、林业主管部门进行备案，以避免不必要的法律风险。
• 了解法规：企业应加强对《中华人民共和国种子法》等相关法律法规的学习，确保自身经营行为符合法律要求。
• 合规经营：在种子生产、经营过程中，企业应严格遵守国家法律法规，确保种子质量，维护市场秩序和消费者权益。

综上所述，受委托生产种子的企业未备案的，将面临责令改正和罚款的处罚。企业应加强对相关法律法规的学习和理解，确保自身经营行为的合规性。