制种企业委托生产未备案，将由县级以上地方质量技术监督局责令限期改正，并处3万元以下罚款；逾期仍未改正的，吊销其生产许可证。具体分析如下：

一. 法律依据

• 根据《中华人民共和国工业产品生产许可证管理条例实施办法》(国家质检总局令第130号)第一百一十七条，委托企业未按本办法规定备案或者擅自改变备案标注方式的，被委托企业未按本办法规定备案的，将由县级以上地方质量技术监督局进行处罚。

二. 处罚措施

1. 责令限期改正并罚款：制种企业若委托生产未备案，首先会被责令限期改正，并处以3万元以下的罚款。这一措施旨在给予企业改正的机会，并通过罚款来警示其遵守相关规定。
2. 吊销生产许可证：若制种企业在被责令限期改正后，逾期仍未改正，那么其生产许可证将被吊销。这是更为严厉的处罚，意味着企业将失去生产相关产品的资格。

三. 实际案例理解

• 例如，某制种企业因委托生产未备案被查处，当地质量技术监督局首先会要求其限期改正，并依据情节轻重处以相应罚款。若该企业未在规定时间内完成改正，那么其生产许可证将被吊销，从而无法继续生产相关产品。

综上所述，制种企业委托生产未备案将面临严格的法律责任。因此，我建议制种企业在委托生产前务必确保已按规定进行备案，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。