如果您与公司签订的是合作协议而非正式的劳动合同，这确实可能带来一些特定的法律和实践问题。以下是一些建议，帮助您理解并处理这种情况：

首先，仔细审查合作协议的具体条款。合作协议通常会详细规定双方的权利、义务、合作范围、方式、期限以及收益分配等。确保您完全理解这些条款，并明确自己在合作中的角色和责任。

其次，了解合作关系的法律性质。合作协议与劳动合同在法律上有明显的区别。劳动合同通常涉及雇佣关系，而合作协议则更侧重于双方基于特定项目或业务的合作关系。这种差异可能会影响您的权益保护，因此在遇到问题时，需要依据合作协议的约定来处理。

如果在合作过程中出现纠纷，应首先尝试通过协商解决。双方应明确各自的立场和诉求，寻求互利共赢的解决方案。协商时，可以依据合作协议中的条款来支持自己的主张，并尽量保持冷静和理性，避免情绪化的冲突。

如果协商无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。这包括向仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。在选择这种方式时，请务必咨询专业律师的意见，并准备好充分的证据来支持您的主张。同时，要注意仲裁或诉讼可能会带来一定的成本和时间投入。

此外，保留与合作相关的所有证据也是非常重要的。这些证据可能包括合作协议、往来邮件、会议记录、支付凭证等。在解决纠纷时，这些证据将起到至关重要的作用。

最后，确保自己在合作过程中始终遵守协议的约定。这是维护双方合作关系的基础，也是避免纠纷发生的关键。如果您发现自己在某些方面无法履行协议义务，应及时与对方沟通并寻求解决方案。

总之，与公司签订合作协议时，应明确协议条款、了解法律性质、通过协商解决纠纷、考虑法律途径维护权益、保留相关证据并遵守协议约定。这样，您才能更好地保护自己的合法权益并促进合作的顺利进行。