让员工赔偿零食店过期商品的费用是不合法的。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法律责任归属：

   • 根据《消费者权益保护法》的相关规定，当经营者提供过期商品时，应由经营者自身承担赔偿责任，而非员工。员工在销售过程中，虽然有一定的检查责任，但销售过期商品的法律责任应由经营者承担。

2. 员工过错与赔偿：

   • 若员工对过期食品的产生存在故意或重大过失，如未按规定的保质期管理流程操作，店内可依据内部规章制度进行处罚，但不能强行要求员工承担经济赔偿责任。
   • 若员工不存在过错，或过错程度较小，则不应承担赔偿责任。赔偿的认定应基于过错原则，并结合公平合理原则确定赔偿比例。

3. 企业责任：

   • 企业应建立并完善安全操作规程和相应制度，确保食品在保质期内销售。若因企业管理制度不完善或执行不到位导致食品过期，应由企业自行承担风险，而非转嫁给员工。

4. 法律建议：

   • 如果员工被要求赔偿过期商品费用，可以与店内管理层沟通协商，明确责任归属和赔偿依据。
   • 若协商不成，员工可以通过劳动争议调解仲裁等合法途径维护自身权益。

综上所述，让员工赔偿零食店过期商品的费用是不合法的。企业应承担起管理责任，确保食品在保质期内销售，并遵守相关法律法规，维护员工的合法权益。如果你有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。