关于“小区商铺有后门是否合法”的问题，这需要根据具体情况来判断。以下是我根据相关法律法规和常见情况给出的详细解答：
结论前置
小区商铺有后门是否合法，关键在于该后门的设置是否遵守了相关法律法规、是否获得了必要的批准和许可，以及是否侵犯了业主的合法权益。未经合法程序和相关同意擅自开设后门，通常属于违法行为。
不合法的情形及法律依据
违反规划设计：
- 若小区规划设计图纸中未包含商铺开后门的设计，私自开后门则改变了建筑原有规划结构，违反了《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定。相关部门有权责令改正，恢复原状，并可能处以罚款甚至拆除等处罚。
破坏建筑结构安全：
- 开后门过程中若破坏了建筑的主体或承重结构，将威胁建筑安全，违反了《建设工程质量管理条例》关于建筑物结构安全保护的规定。建设单位或施工单位需承担法律责任。
侵犯业主共有权益：
- 商铺开后门若占用公共通道、绿地等业主共有部分，侵犯了业主的权益，违反了《中华人民共和国民法典》关于建筑物区分所有权和业主共有的规定。业主有权要求商铺停止侵权行为，恢复原状。
违反物业管理规定：
- 商铺开后门若违反了物业服务合同中的管理秩序、房屋使用规范等约定，物业公司有权依据合同要求商铺整改。
合法的特殊情形
获得规划变更许可：
- 商铺经营者需向当地规划部门提出申请，说明开后门的必要性和合理性，并获得规划变更批准及相关施工许可。在此情况下，开后门行为合法。
取得相关权益人同意：
- 若开后门不涉及改变规划和破坏结构安全，且获得了受影响的业主、业主委员会及物业管理公司的一致书面同意，此情况下开后门具有一定合法性。
注意事项与建议
- 商铺在开设后门时，应确保不影响居民的正常生活，其经营活动不得扰民，并遵守噪音控制规定。
- 若发现商铺未经合法程序擅自开后门，可向小区物业反映情况，要求干预；也可向规划局或城管局投诉，由相关行政管理部门进行处理。
- 物业在发现违法行为时，有权要求商铺恢复原状，并向相关行政管理部门报告协助处理。
综上所述，小区商铺有后门的合法性需综合考虑多个因素。建议商铺经营者在考虑开后门时，务必先咨询相关法律专业人士，确保行为的合法性，并遵守相关法律法规和物业管理规定，以维护小区的整体利益和秩序。