首先，关于员工操作公司三轮车将业主的车撞了如何赔付的问题，这涉及到多个方面，包括责任判定、赔偿主体、赔偿方式等。以下是对这一问题的详细分析：

1. 责任判定：

   • 首先需要明确事故的责任方。如果员工在操作三轮车时存在过错，如违反交通规则、操作不当等，那么员工应承担一定的责任。
   • 同时，公司作为三轮车的所有者和管理者，也可能因管理不善或未对员工进行充分培训而承担连带责任。
   • 业主如果违规停车或存在其他过错，也可能影响责任划分。

2. 赔偿主体：

   • 如果员工是在执行工作任务时发生事故，且公司对此负有管理责任，那么赔偿通常应由公司承担。
   • 如果员工是私自使用三轮车并发生事故，那么员工个人可能需要承担主要赔偿责任。

3. 赔偿方式：

   • 双方可以协商达成赔偿协议，包括赔偿金额、支付方式等。
   • 如果协商不成，业主可以通过法律途径追究责任，如向法院提起诉讼。
   • 在赔偿过程中，可能需要考虑车辆维修费用、贬值损失、误工费等。

4. 建议措施：

   • 公司应加强员工的安全教育和培训，确保员工在操作三轮车时遵守交通规则。
   • 公司应完善三轮车管理制度，明确使用规定和责任划分。
   • 员工在发生事故后应及时报告公司，并配合处理后续事宜。

综上所述，员工操作公司三轮车将业主的车撞了，赔付问题需要根据具体情况进行责任判定、确定赔偿主体和赔偿方式。如果双方无法协商达成一致，建议通过法律途径解决。在此过程中，公司和员工都应积极配合，妥善处理事故善后事宜。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。