工程不能按期完工时，能否扣除履约保证金，需要根据具体情况和合同条款来判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，要查看合同中是否有关于工程延期和履约保证金的明确约定。如果合同中明确规定了工程延期时可以扣除履约保证金，并且规定了扣除的具体条件和方式，那么按照合同约定执行即可。
   • 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，则需要根据相关法律法规和司法解释来判断。

2. 法律法规和司法解释：

   • 根据《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果工程不能按期完工，且是由于承包方的原因造成的，那么承包方应当承担相应的违约责任。
   • 在这种情况下，如果合同中没有明确约定履约保证金的扣除，但双方有约定违约金或者其他赔偿方式，那么可以按照约定执行。如果既没有约定履约保证金，也没有约定违约金或者其他赔偿方式，那么发包方可以要求承包方承担因此造成的损失。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，扣除履约保证金通常需要双方协商一致，或者通过法律程序来解决。如果发包方单方面扣除履约保证金，可能会引发承包方的异议和纠纷。
   • 因此，在扣除履约保证金之前，建议双方进行充分沟通，并协商解决方案。如果无法协商一致，可以通过法律途径来维护自己的权益。

综上所述，工程不能按期完工时能否扣除履约保证金，需要根据合同条款、法律法规和司法解释以及实际操作中的考虑来综合判断。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。