结论前置：员工请长病假并拒绝劳动能力鉴定，公司不能直接停发病假工资或按旷工处理。具体处理方式需结合员工是否按照公司规定流程请假、拒绝鉴定是否有正当理由以及实际情况来判断。
一、员工请长病假的相关规定
根据相关法律法规，员工因患病或非因工负伤需要停止工作治病休息时，享有合法的医疗期。在医疗期内，用人单位应给予员工一定的医疗假期，并按照规定支付病假工资。这意味着，员工有正当理由请长病假是其受法律保护的权益。
二、拒绝劳动能力鉴定的影响
若员工有正当理由拒绝：
- 如果员工因病情严重或特殊原因无法参加劳动能力鉴定，且已向公司提供了合理的解释和证明，公司不能仅凭此拒绝支付病假工资或按旷工处理。
若员工无正当理由拒绝：
- 如果员工无正当理由拒绝参加劳动能力鉴定，公司可能会认为员工在滥用病假权益，进而采取相应措施，如停发病假工资或按照公司规章制度处理（但并非直接按旷工处理）。然而，公司仍需确保处理方式的合法性和合理性。
三、公司的应对措施与建议
沟通协商：
- 公司应首先与员工进行沟通协商，了解员工拒绝劳动能力鉴定的具体原因，并尝试达成双方都能接受的解决方案。
按照规章制度处理：
- 如果员工确实无正当理由拒绝参加劳动能力鉴定，公司可以依据公司规章制度采取相应措施，但应确保处理方式的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
保留证据：
- 公司在处理过程中应妥善保留相关证据，如员工的请假申请、病假证明、拒绝鉴定的通知等，以备不时之需。
考虑法律途径：
- 如果双方无法达成一致，公司可以考虑通过法律途径解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
四、员工的维权途径与建议
了解法律法规：
- 员工应首先了解相关法律法规和公司规章制度，确保自己的权益得到保障。
保留证据：
- 员工在请假和拒绝劳动能力鉴定过程中应妥善保留相关证据，如病假证明、拒绝鉴定的理由等。
寻求法律援助：
- 如果公司采取了不合法或不合理的处理方式，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师（如王晶律师）来维护自己的合法权益。
综上所述，员工请长病假并拒绝劳动能力鉴定是一个复杂的问题，需要根据具体情况进行具体分析。公司在处理过程中应遵循法律法规和公司规章制度，确保处理方式的合法性和合理性；员工也应了解自己的权益和维权途径，确保自己的合法权益得到保障。