关于您提出的“民法典关于协议违约赔偿金额度不明确如何赔偿”的问题，以下是根据相关法律和常规做法提供的详细解答：

当合同或协议中违约赔偿金额约定不明确时，首先应当尝试由当事人双方进行协商，以补定具体的赔偿数额。这一步骤是基于双方自愿和公平原则，力求达成一个双方都能接受的赔偿方案。

如果协商无果，那么赔偿金额的确定将依据违约所造成的实际损失来进行。这里的损失包括直接损失和间接损失，直接损失如实际财产的减少，间接损失则可能包括为防止损失扩大而支出的合理费用等。在确定损失时，应尽可能提供充分的证据和合理的计算依据。

如果依然无法确定具体的赔偿额，那么可以参照合同履行地的市场价格或同类交易的市场价格来核算损失。这种方法旨在通过市场标准来估算损失，以确保赔偿的公正性和合理性。

如果上述方法仍然难以确定赔偿额，那么可以参照违约方在合同履行地的平均利润来确定赔偿额。但需要注意的是，赔偿额不得超过违约方在订立合同时能够预见或应当预见的因违约可能造成的损失。

此外，如果合同中有约定违约金的计算方法，那么应当按照该方法来确定赔偿金额。如果合同未约定违约金或约定不明，且涉及金钱给付义务的违约，那么根据相关法律解释，违约方应赔偿逾期付款损失，参照逾期罚息利率标准计算。

对于非金钱给付义务的违约，受损方可以要求违约方赔偿因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但同样不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。同时，受损方需要对损失的大小承担举证责任。

综上所述，当协议违约赔偿金额度不明确时，应通过协商、依据实际损失、参照市场价格或平均利润等方法来确定赔偿金额。如果无法达成一致，可以寻求法律途径解决争议。在处理过程中，应充分考虑双方的权益和实际情况，以确保赔偿的公正性和合理性。