员工偷了老板钱跑了，这是一个比较严重的问题，涉及到刑事犯罪和公司的财产权益保护。以下是我根据法律知识和实务经验，为您提供的详细解答：
首先，公司应立即采取以下措施：
收集证据：公司应尽快收集所有能证明员工盗窃行为的证据，包括财务账目、交易记录、监控录像等。这些证据对于后续的报案和追讨都至关重要。
与员工沟通：在掌握足够证据的基础上，公司可以尝试与员工进行沟通，要求其归还钱款并说明缘由。但这一步应谨慎进行，以免打草惊蛇。
向公安机关报案：如果员工拒不返还，公司应立即向公安机关报案，追究其刑事责任。根据法律规定，盗窃公私财物达到一定数额会受到相应的刑罚处罚。
其次，公司可以通过以下法律途径追讨被盗钱财：
刑事报案：如前所述，公司可以向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。在刑事诉讼过程中，公司可以通过追缴赃款来挽回损失。
民事诉讼：除了刑事报案外，公司还可以向法院提起民事诉讼，要求员工返还被盗的钱财并赔偿损失。在民事诉讼中，公司需要准备充分的证据来证明员工的盗窃行为和公司的损失情况。
内部处理：在法律程序之外，公司还可以依据内部规章制度对涉事员工进行相应处分，如解除劳动合同等。
最后，关于财产保全的提示：
在追讨被盗钱财的过程中，如果公司担心员工会转移或隐匿财产，可以向法院申请财产保全。财产保全措施包括查封、扣押、冻结等，可以确保公司的财产权益得到有效保护。但需要注意的是，财产保全需要提供相应的担保，并且应严格遵循法律程序。
综上所述，员工偷了老板钱跑了是一个复杂的法律问题，需要公司采取多种措施来维护自身的权益。如果您在这方面遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询，我会为您提供专业的法律支持和帮助。