关于“工作单位扣工资合法吗”这个问题，不能一概而论，需要具体情况具体分析。以下是一些合法和不合法扣工资的情形，以及相应的法律解释：
一、合法扣工资的情形
代扣工资：
- 根据相关法律规定，用人单位有权依法代扣代缴个人所得税、劳动者个人应负担的社会保险费用、法院判决或裁定中要求的抚养费、赡养费，以及法律、法规规定的其他可从劳动者工资中扣除的费用。
赔偿单位损失：
- 若劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，且劳动合同中有相关约定，用人单位可要求劳动者赔偿，并从其工资中扣除，但每月扣除额不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
员工请事假等：
- 员工请事假期间，用人单位可不支付其事假期间的工资，这表现为工资的减少。同时，对于员工旷工等行为，用人单位也有权按照规章制度进行相应处理，包括扣减工资。
二、不合法扣工资的情形
无正当理由随意克扣：
- 用人单位无正当理由随意克扣员工工资，如以经营困难为由、因员工拒绝不合理加班而扣工资等，这是不合法的。
规章制度未明确规定或未经民主程序制定：
- 如果用人单位的规章制度未明确规定扣工资的情形，或者规章制度未经民主程序制定、未向员工公示就扣工资，这也是不合法的。
三、员工如何应对不合法扣工资
与单位协商：
- 员工可直接与单位沟通，要求其说明扣工资的原因。若属于单位误解或操作失误，协商后通常能顺利解决。
向劳动监察部门投诉：
- 员工可准备好劳动合同、工资条、考勤记录等能证明劳动关系和工资情况的材料，向当地劳动监察部门反映。劳动监察部门会对单位进行调查，若查证单位存在违法行为，会责令其支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如果协商和投诉都无法解决问题，员工可向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。仲裁程序相对规范，会要求双方提供证据并进行辩论。若员工胜诉，单位需按照仲裁裁决支付工资。
提起诉讼：
- 若员工对仲裁结果不满意，可在规定时间内向法院提起诉讼，由法院进行审理和判决。
综上所述，工作单位扣工资是否合法取决于具体情况。如果员工认为单位扣工资不合法，应及时采取合法途径维护自身权益。