关于“未经登记房屋合法性认定由谁处理”的问题，我可以明确地告诉您：在城市国有土地上房屋征收中，县级政府或者其相应部门对未经登记的建筑，即通常所说的“无证房屋”，负有进行调查、认定和处理的职责。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第24条的规定，市、县级人民政府在作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。

2. 处理流程：

   • 县级政府或其相应部门会组织调查，对未经登记的建筑进行实地查看、资料收集等。
   • 基于调查结果，县级政府或其相应部门会对建筑进行认定，判断其是否属于合法建筑。
   • 根据认定结果，县级政府或其相应部门会作出处理决定，如给予补偿或不予补偿等。

3. 认定意见的影响：

   • 认定意见对被征收人的权益产生了直接的影响。如果建筑被认定为合法，那么被征收人有权获得补偿；如果建筑被认定为违法，那么被征收人则无权获得补偿。
   • 认定意见还会对评估环节产生直接影响，评估机构会依据认定意见对房屋进行评估。

4. 诉讼权利：

   • 如果县级政府在作出认定意见后，作出了征收补偿决定，那么认定意见被征收补偿决定所吸收，被征收人可以通过复议或诉讼补偿决定来审查认定意见的正确性。
   • 如果县级政府在作出认定意见后，认为建筑非合法建筑而不再作出补偿决定，那么被征收人有权针对认定意见提起行政诉讼。

综上所述，未经登记房屋的合法性认定由县级政府或其相应部门负责处理。如果您在这方面遇到了问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。