在行政诉讼中，如果证据都在政府机关，你可以按照以下步骤进行办理：
首先，明确你的诉讼地位和举证责任：
- 作为原告，你需要提供证明被告行政行为违法或不当的证据，以及你因此受到损害的证据。
- 作为被告（通常是行政机关），你需要提供作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，以证明你的行政行为是合法、合规的。
其次，了解证据收集的限制和申请调取：
- 原告或第三人不能自行收集但能提供确切线索的，可以申请人民法院调取相关证据材料。这通常适用于那些由政府机关掌握且原告无法自行获取的证据。
接下来，你可以采取以下具体步骤：
提交证据申请：
- 向法院提交书面申请，说明你需要调取的证据名称、内容、存放地点以及调取该证据的原因和必要性。
- 附上你所能提供的证据线索，如文件编号、存储位置等，以便法院能够更快地找到并调取证据。
等待法院审查：
- 法院会对你的申请进行审查，判断该证据是否与案件有关，以及调取该证据是否符合法律规定。
- 如果法院认为你的申请合理且必要，它会向政府机关发出调取证据的通知。
政府机关提供证据：
- 政府机关在收到法院的通知后，应当按时向法院提供你申请调取的证据。
- 如果政府机关拒绝提供或未能按时提供，法院有权采取多种强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，以促使其履行提供证据的义务。
证据质证与采纳：
- 在庭审过程中，你需要对调取的证据进行质证，以确认其真实性和有效性。
- 法院会根据质证结果和案件情况，决定是否采纳该证据作为定案的依据。
最后，注意以下几点：
- 在申请调取证据时，务必提供充分的证据线索和理由，以增加法院调取证据的可能性。
- 如果政府机关拒绝提供或未能按时提供证据，你可以及时向法院反映情况并申请采取强制措施。
- 在质证过程中，要充分利用你的专业知识和经验，对证据的真实性、合法性和关联性进行深入剖析和论证。
综上所述，虽然行政诉讼中证据都在政府机关可能会给当事人带来一定的困难，但通过遵循上述步骤和注意事项，你可以有效地申请调取并利用这些证据来维护自己的合法权益。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。