关于《行政处罚法》第二十八条第二款的适用问题，以下是我的详细解答：
一、什么情况下适用《行政处罚法》第二十八条第二款作出没收违法所得？
《行政处罚法》第二十八条第二款规定：“当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。”这一条款的适用主要分以下两种情况：
当特定罚条未规定没收违法所得时：若相关的市场监管法律法规规章中，未明确规定没收当事人的违法所得，如《医疗器械监督管理条例》第六十六条、《反不正当竞争法》第十八条等，此时办案机构就应依据《行政处罚法》第二十八条第二款，没收当事人的违法所得。
当特定罚条已规定没收违法所得时：若市场监管法律法规规章中，大多数罚条已经规定了没收当事人的违法所得，如《食品安全法》第一百二十二条、《药品管理法》第一百一十五条、《产品质量法》第四十九条等，则办案机构在处罚时直接适用这些罚条没收当事人的违法所得，不需再适用《行政处罚法》第二十八条第二款。
二、怎么计算违法所得？
《行政处罚法》第二十八条第二款明确，通常情形下，违法所得指实施违法行为所获得的全部收入。但法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。具体计算方式如下：
食药监管、质量监管领域：一般按“全部收入”计算。但需注意，部门文件中的特殊规定，如《国家食品药品监督管理局关于〈药品管理法〉〈药品管理法实施条例〉“违法所得”问题的批复》中的特殊计算方式，因与《行政处罚法》第二十八条第二款相抵触，故不适用。
工商监管领域：不全是按“全部收入”计算。依据《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》（国家工商行政管理总局令第37号），违法所得的计算有具体规定，如违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算等。
三、怎样把握“除依法应当退赔的外”？
对于《行政处罚法》第二十八条第二款中的“除依法应当退赔的外”，应作如下理解：
退赔优先：生产者、经营者违法销售产品、商品以及违法提供服务取得的货款、服务费，若属于违法所得中依法应当退赔的，在退赔后不应再计入违法所得中没收。
退赔有期限：退赔不是无期限的，超出合理期限未能退赔的，还是要作为违法所得予以没收，上缴国库。办案机构应责令当事人在合理期限内以合理方式退款，合理期限之后，到作出行政处罚决定时，因退款对象联系不上等原因还没有退还的这部分款项，仍要计入到违法所得中予以没收。
惩罚性赔偿与民事赔偿不抵扣：惩罚性赔偿金和民事损害赔偿金，如《食品安全法》第一百四十八条规定的“十倍”赔偿金、《消费者权益保护法》第五十五条规定的“三倍”赔偿金等，不应从违法所得中抵扣。这些赔偿金是违法当事人因实施违法行为而应当依法赔偿的款项，并非实施违法行为所取得的收入。
综上所述，《行政处罚法》第二十八条第二款的适用需根据具体情况判断，计算违法所得时需遵循法律规定或特别规定，而在处理退赔问题时，也需严格依法进行。如有更多疑问或具体案例需要分析，欢迎随时向我咨询，我作为专业律师，将竭诚为您提供法律服务。