当私募基金员工离职后，其持有的基金份额的处理方式主要依赖于具体的公司规定、协议以及私募基金的相关法规。以下是对这一问题的详细解答：
一、依据公司规定和协议处理
有书面协议的情况：
- 如果员工与公司之间签订了关于持股的书面协议，并且该协议中明确规定了离职后股权或基金份额的处理方式，那么应当严格按照协议执行。
- 常见的处理方式包括公司按约定价格回购员工的基金份额，回购价格可能参考公司净资产、员工购买成本或市场价值等因素确定。
协议未约定的情况：
- 如果协议中未明确约定离职后基金份额的处理方式，员工作为股东或投资者仍可能保留其基金份额。
- 然而，为了维护公司的股权结构稳定，公司可能会与员工协商回购其基金份额，或者提出其他解决方案。
二、遵循私募基金相关法规
合格投资者要求：
- 根据私募基金的相关法规，投资者需要满足一定的合格投资者要求。如果离职员工不再满足这些要求（如投资金额低于规定门槛），那么他们可能需要全额赎回其基金份额，或者由其他合格投资者承接。
补齐资料：
- 如果离职员工希望继续持有基金份额，但原本因员工身份而豁免的某些合格投资者资料现在需要补齐（如投资金额达到或超过100万元），那么他们可能需要补充这些资料以满足法规要求。
三、特别注意事项
公司章程或合伙协议：
- 如果公司章程或合伙协议中对离职员工股权或基金份额的处理有特别规定，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么这些规定对离职员工具有约束力。
优先购买权：
- 如果离职员工希望将其基金份额转让给其他非股东或投资者，那么可能需要遵循《公司法》或相关合伙协议中的规定，其他股东或投资者可能享有优先购买权。
综上所述，私募基金员工离职后其持有的基金份额的处理方式是一个复杂的问题，需要综合考虑公司规定、协议以及私募基金的相关法规。在实际操作中，建议离职员工与公司进行充分沟通，并咨询专业律师或财务顾问的意见，以确保处理方式的合法性和合理性。