当法院判决罪犯保外就医时，单位或相关机构应按照以下流程处理：
首先，需要明确“保外就医”是监外执行的一种形式，它适用于因严重疾病需要在外就医的罪犯。这类罪犯因健康原因不适宜在监狱内执行刑罚，因此法院会作出暂予监外执行的决定。
接下来，单位或相关机构应执行以下步骤：
接收与执行：
- 罪犯所在单位或居住地的社区矫正机构会接收并执行法院的保外就医决定。
- 社区矫正机构会负责罪犯的日常管理和监督，确保其按照规定进行就医和康复。
医疗监督与管理：
- 社区矫正机构应要求罪犯定期到指定医院进行病情复诊，并提交复诊报告。
- 如有需要，社区矫正机构可以协调医疗资源，为罪犯提供必要的医疗帮助。
病情评估与收监：
- 当罪犯的病情发生变化，特别是保外就医的条件消失（如疾病痊愈）时，社区矫正机构应及时进行评估。
- 如果评估结果显示罪犯已不再符合保外就医的条件，且刑期未满，社区矫正机构应依法向法院提请收监执行。
- 法院在收到提请后，会进行审查并作出是否收监执行的裁定。
法律监督：
- 人民检察院会对保外就医的实施情况进行法律监督，确保整个过程的合法性和公正性。
- 如果发现任何违法行为或不当处理，人民检察院有权提出纠正意见或建议。
此外，值得注意的是，保外就医期间仍然计算到罪犯的刑期以内。因此，即使罪犯在外就医，其服刑时间也不会因此中断。
综上所述，当法院判决罪犯保外就医时，单位或相关机构应严格按照法律规定和程序执行，确保罪犯得到妥善管理和监督，同时保障法律的公正性和权威性。