在集体经济组织侵权案中，确定被告是村委会还是村民小组，需要根据具体情况来分析。
一般情况下：
- 如果侵权行为的直接实施者或决策者是村委会，那么应当告村委会。
- 如果侵权行为的直接实施者或决策者是村民小组，且村民小组具备独立的诉讼主体资格（如已依法召开村民会议，并履行了民主议定程序），那么可以告村民小组。
特殊情况下：
- 当村集体经济组织权益受损，而村委会消极不作为时，根据《最高人民法院关于村民小组诉讼权利如何行使的复函》，村集体经济组织可以依法召开村民会议，以村民小组小组长作为主要负责人为当事人提起相关诉讼。此时，虽然侵权行为的后果可能由村集体经济组织承担，但由于村委会的不作为，村民小组可以作为诉讼主体。
- 如果纠纷一方是原生产队一级的集体经济组织，且该集体经济组织没有日常固定的负责人、印章等，那么在司法实践中，可能会以该集体经济组织内三分之二以上的村民逐一签名表达集体经济组织诉求的形式来提起诉讼。在这种情况下，虽然实际上是集体经济组织在维权，但形式上可能会以村民的名义进行。
综上所述，在集体经济组织侵权案中，被告可能是村委会，也可能是村民小组，具体取决于侵权行为的实施者、决策者以及村集体经济组织的诉讼主体资格等因素。因此，在提起诉讼前，建议充分调查并了解相关情况，以确定正确的被告。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。