针对您提出的“废标但工程已完工应如何处理”的问题，这确实是一个涉及工程招投标纠纷及后续处理的复杂情况。以下是根据相关法律法规和常见处理流程，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确“废标”通常指的是在招投标过程中，由于某种原因（如违反招投标规定、资格不符、报价异常等）导致中标结果无效或被取消。而“工程已完工”则意味着尽管招投标环节存在问题，但项目本身已经按照合同或某种约定完成了建设。

在这种情况下，处理流程通常包括以下几个步骤：

1. 确认废标原因与责任：

   • 首先，需要明确废标的具体原因，是由于违反招投标法规、技术规格不符、还是其他违规行为。
   • 接着，要确定责任方，是招标方、投标方还是双方都有责任。

2. 评估工程完工情况：

   • 对已完工的工程进行质量评估，确保工程符合合同要求和相关标准。
   • 如果工程存在质量问题或未完全按照合同执行，需要记录并作为后续处理的依据。

3. 协商解决方案：

   • 招标方与投标方（或承包商）应就废标后的工程处理进行协商。
   • 考虑到工程已完工，双方可以探讨是否通过补充协议、修改合同条款或采取其他补救措施来解决问题。

4. 法律途径：

   • 如果协商无果，双方可以通过法律途径解决纠纷。
   • 根据废标原因和责任划分，可能涉及的法律责任包括但不限于：赔偿损失、支付违约金、承担法律责任等。

5. 行政监管与处罚：

   • 如果废标是由于违反招投标法规导致的，相关行政监督部门可能会介入调查，并根据法规对责任方进行处罚。
   • 处罚可能包括罚款、取消投标资格、吊销执照等。

6. 后续处理：

   • 根据协商结果或法律判决，进行后续处理，如支付款项、修复工程缺陷、重新招标等。

需要注意的是，每个具体案例的情况都可能有所不同，因此处理流程也可能需要根据实际情况进行调整。在处理此类问题时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议和指导。

综上所述，废标但工程已完工的情况需要综合考虑多个因素，并通过协商、法律途径或行政监管等方式来寻求合理的解决方案。希望这个解答能对您有所帮助。