若建设工程废标不合理但不影响评标结果，通常无需启动重新评标或重新招标程序，但需通过异议、投诉或行政监督等途径纠正废标行为，并保留追究相关责任的权利。具体分析如下：

1. 废标不合理但未影响评标结果时的处理原则
   根据《招标投标法》及其实施条例，评标结果的合法性以“是否实质性影响中标结果”为判断标准。若废标行为虽不合理（如程序违法、认定事实错误），但未改变中标候选人排序或中标结果（例如被废标单位本就不应中标，或废标后其他单位仍按原顺序递补），则评标结果仍可维持有效。此时，处理重点应放在纠正废标行为的合法性上，而非直接推翻评标结果。

2. 具体处理步骤

   • 提出异议：被废标单位或其他利害关系人可在知道或应当知道废标事由之日起10日内，向招标人提出书面异议，要求招标人复核废标决定的合法性。异议需明确指出废标依据不足、程序违法等具体理由，并附相关证据（如评标报告、废标通知等）。
     
   • 投诉与行政监督：若招标人未在3日内答复或异议不成立，可向行政监督部门（如住建部门）投诉。行政监督部门将调查废标行为是否违反《招标投标法》第46条（评标委员会职责）、第53条（违法废标责任）等规定，并作出书面处理决定。
     
   • 责任追究：若废标行为被确认违法（如评标委员会滥用职权、招标人违规干预），行政监督部门可责令改正，并对相关责任人处以罚款、没收违法所得等处罚（《招标投标法》第53条、第62条）。但需注意，责任追究不必然导致评标结果变更，除非能证明废标行为直接影响了中标结果。

3. 例外情形：废标行为实质性影响评标结果
   若废标行为导致本应中标的单位被错误排除（例如因评标委员会错误认定资质无效，而该认定被后续行政复议或诉讼撤销），则属于“实质性影响中标结果”的情形。此时，根据《招标投标法实施条例》第81条，行政监督部门应责令重新评标或重新招标，并可能对责任人处以更严厉的处罚。

建议：若您作为招标人或投标人遇到此类问题，建议优先通过异议、投诉程序主张权利，同时注意收集评标过程文件、废标依据等证据。若涉及复杂法律争议（如废标依据的合法性、评标委员会独立性等），可进一步向我咨询具体操作方案。