关于法院判决认定违法转包收取的管理费的处理，这是一个在司法实践中较为复杂且存在争议的问题。以下是我根据相关法律法规及司法实践，给出的详细解答：

核心结论：

对于违法转包收取的管理费，法院在处理时通常会考虑其性质及实际情况，并可能采取“已预扣的管理费不予返还，对尚未扣除的管理费不再扣除或支付”的原则。

详细分析：

1. 管理费性质的认定：

   • 违法转包中的管理费，并非承包人对工程进行管理的对价，而是承包人通过非法转包、违法分包套取利润的违法收益。这种收益违背了建筑法等法律法规的禁止性规定，属于不法行为所产生的利益。

2. 管理费的处理原则：

   • 已预扣的管理费：对于已经扣除的管理费，法院通常不会判令返还或计入应付工程款。这是因为，虽然管理费是基于不法原因给付的，但当事人在自愿履行后，法律也应维护履行的效果，符合自然之债的应有之义。
   • 尚未扣除的管理费：对于尚未交纳或在拨付工程款时尚未扣除的管理费，法院通常不会支持给付或扣除。这是因为，当事人从事不法原因给付行为是为了满足私利，法律不应保护此类行为，且承包人对尚未交纳或扣除的管理费主张权利也违背了“净手规则”。

3. 法律依据与司法实践：

   • 在司法实践中，法院在处理此类案件时，会综合考虑法律法规的禁止性规定、管理费的性质以及实际情况，作出公正合理的判决。虽然具体案件可能因案情不同而有所差异，但上述处理原则在多数案件中均得到了体现。

总结与建议：

在处理违法转包收取的管理费问题时，应充分考虑其性质及实际情况，并遵循相关法律法规及司法实践的处理原则。对于已经扣除的管理费，通常不予返还；对于尚未扣除的管理费，则不应支持给付或扣除。如有具体案件需要处理，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。