首先，需要明确的是，合同是否违法并不仅仅取决于合同中的某个具体条款，而是要看合同的整体内容以及该条款是否违反了法律法规的强制性规定。针对你提出的“单项变更100万以上扣减100万”的合同条款，以下是我的分析：

1. 合同条款的合法性：

   • 如果该条款是双方自愿协商达成的，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该条款本身是合法的。
   • 但是，如果该条款存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或者违反了法律法规关于合同无效或可撤销的规定，那么该条款可能是违法的或可撤销的。

2. 具体情境的分析：

   • 如果合同是关于某种交易或服务的：例如，合同中规定如果某项服务的单项变更费用超过100万，则自动扣减100万作为违约金或补偿。这种情况下，需要看该条款是否合理、公平，以及是否违反了相关法律法规关于违约金或补偿金的规定。
   • 如果合同是关于投资或借贷的：例如，合同中规定如果投资或借贷金额的单项变更超过100万，则扣减100万作为费用或利息。这种情况下，需要看该条款是否违反了相关法律法规关于利息、费用等的规定，以及是否构成了高利贷或不当得利。

3. 法律建议：

   • 在签订或履行此类合同时，建议双方充分协商，确保条款的合理性、公平性和合法性。
   • 如果对该条款存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体的法律意见和建议。

4. 结论：

   • 因此，无法直接判断“单项变更100万以上扣减100万”的合同条款是否违法，需要具体分析合同的具体内容、该条款的具体情境以及相关法律法规的规定。

总之，合同的合法性需要综合考虑多个因素，包括合同条款的具体内容、双方的意思表示、法律法规的规定等。如果你有任何具体的合同问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。