针对您提出的问题，即对方通过不合法手段获取建设工程规划许可证并打赢官司后，法院会如何处理对方，以下是我的详细解答：

首先，需要明确的是，如果对方通过不合法手段获取建设工程规划许可证，这一行为本身就违反了相关法律法规。即使对方在后续的官司中暂时获胜，这并不意味着其不合法行为得到了法律的认可或保护。

1. 法院对不合法行为的处理：

   • 法院在审理案件时，会严格审查各方提交的证据和材料的合法性。如果发现对方存在不合法手段获取证据或材料的情况，法院有权不予采信，并可能对对方进行相应的法律制裁。
   • 对于不合法获取建设工程规划许可证的行为，法院可能会依法撤销该许可证，或者宣告其无效。同时，对方还可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。

2. 对官司结果的影响：

   • 如果对方的不合法行为被法院确认，那么其基于该不合法行为所取得的官司胜利也可能被撤销或宣告无效。这意味着，对方可能无法继续享受官司胜利所带来的任何权益。
   • 在某些情况下，如果对方的不合法行为构成犯罪，如欺诈、伪造公文等，那么对方还可能面临刑事责任的追究。

3. 建议与后续行动：

   • 如果您发现对方存在不合法获取建设工程规划许可证的行为，并且该行为已经影响了官司的结果，建议您及时向法院提出异议，并提供相关证据和材料。
   • 您也可以向相关行政部门举报对方的不合法行为，以便行政部门进行查处和纠正。
   • 在处理此类问题时，建议您咨询专业律师的意见，以确保您的合法权益得到有效保护。

综上所述，对方通过不合法手段获取建设工程规划许可证并打赢官司后，法院并不会因此认可其不合法行为。相反，法院会依法对对方的不合法行为进行审查和处理，并可能撤销或宣告其官司胜利无效。因此，建议您及时采取措施维护自己的合法权益。