针对您提出的问题“法院无权认定违建那么在判决中认定建筑物没有合法性是不是程序违法”，我的回答如下：

结论：法院在判决中认定建筑物没有合法性，并不直接构成程序违法，因为对建筑物是否违法的认定和强制拆除行为是两个独立的行政行为，需要分别进行审查和判断。

分析说明：

1. 行政行为的独立性：根据行政诉讼的“一案一诉”原则，对建筑物是否违法的认定和强制拆除行为是两个具有因果关系但程序截然不同的行政行为。法院在审理强制拆除行为时，主要关注的是拆除行为本身的合法性，包括是否履行了催告、听取陈述申辩等法定程序。

2. 建筑物合法性的认定：建筑物是否合法的认定，通常由相关行政机关依据城乡规划法、土地管理法等法律法规进行。如果当事人对行政机关的认定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，寻求救济。

3. 法院判决的侧重点：在强制拆除行为的诉讼中，法院主要审查的是拆除行为的程序是否合法，而不是直接对建筑物的合法性作出认定。因此，即使法院在判决中提及建筑物没有合法性，这更多是基于案件事实的描述，而非对建筑物合法性的最终裁决。

4. 程序违法的判断：程序违法是指行政机关在实施行政行为时，未遵守法定的程序规定，如未履行催告、听证等义务。法院在判决中确认强制拆除行为违法，通常是因为行政机关在拆除过程中违反了法定程序，而不是因为对建筑物合法性的认定存在错误。

综上所述，法院在判决中认定建筑物没有合法性，并不直接构成程序违法。如果当事人对建筑物的合法性有异议，应当通过合法的途径进行申诉或诉讼，以维护自己的合法权益。同时，如果行政机关在强制拆除过程中存在程序违法行为，当事人也可以依法向法院提起诉讼，要求确认拆除行为违法并寻求相应的赔偿或补偿。