您好，关于您提出的“电子商业承兑汇票部分承兑后，是否还可以以基础法律关系主张权利”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确一点，当电子商业承兑汇票被部分承兑后，如果持票人（即债权人）选择接受了这部分承兑，那么对于已经承兑的部分，其权利已经得到了实现，自然无法再就该部分以基础法律关系主张权利。

然而，对于未被承兑的部分，情况就有所不同。根据票据法的相关规定，如果汇票到期被拒绝付款，持票人可以对背书人、出票人以及汇票的其他债务人行使追索权。这是一种法律赋予持票人的权利，旨在保障其票据权益的实现。

但重要的是，票据追索权并非持票人唯一的法律救济途径。即使票据被拒付，持票人仍然有权选择依据基础法律关系向债务人主张权利。这是因为，票据的签发和承兑往往基于某种基础法律关系，如买卖合同、服务合同等。当票据无法兑现时，持票人可以回到这种基础法律关系中去寻求救济。

具体来说，如果电子商业承兑汇票部分承兑后被拒绝兑付剩余部分，持票人可以选择向债务人（如出票人、背书人等）提起民事诉讼，要求其按照基础法律关系的约定承担付款责任。在诉讼中，持票人需要提供充分的证据来证明基础法律关系的存在以及债务人未完全履行付款义务的事实。

综上所述，电子商业承兑汇票部分承兑后，对于未被承兑的部分，持票人仍然有权以基础法律关系主张权利。但需要注意的是，在选择法律救济途径时，持票人应充分考虑各种因素，包括诉讼成本、诉讼周期、执行难度等，以做出最为明智的决策。