关于工程招标代理公司费用由谁承担的问题，我根据相关法律法规和实践经验，为您提供以下详细解答：

一、核心结论

工程招标代理费用的承担主体并非固定不变，而是依据具体情况和合同约定来确定。一般来说，招标代理费用由招标人承担，但也存在由投标人承担或双方分担的情况。

二、详细分析

1. 招标人承担：

   • 法律依据：根据《招标代理服务收费管理暂行办法》及相关规定，工程招标代理费原则上应由招标人支付。
   • 实践应用：在多数政府投资的大型基础设施建设项目中，招标人作为项目的发起者和主导者，通常会承担招标代理费用，以确保招标活动的顺利进行。

2. 投标人承担：

   • 特殊约定：在某些商业项目或特殊行业中，招标文件可能会明确规定招标代理费由投标人承担。这种情况下，投标人需要在投标报价时考虑该费用，并从获得的合同金额中提取一定比例来支付。
   • 实践案例：例如，在某些政府采购项目或大型工程项目中，招标文件会明确说明招标代理费由中标人承担。

3. 双方分担：

   • 协商确定：经过招标人与投标人协商，也可能出现双方共同分担招标代理费的情况。具体分担比例和方式需由双方在合同中明确约定，以确保双方的权益得到保障。

三、实际操作建议

• 明确约定：为避免后续争议，招标人应在招标文件中明确招标代理费的承担方式。如果双方在招标文件或合同中没有明确约定，或者约定不明确导致争议，应及时咨询法律专业人士以获取具体的法律意见和帮助。
• 依法履行：各方应严格遵守法律法规和合同约定，依法履行各自的义务。如果发生争议，应及时通过法律途径解决。

四、总结

综上所述，工程招标代理费用的承担主体应根据项目的具体情况和双方协商来确定，并在招标文件或合同中明确约定。在实际操作中，应遵循相关法律法规和行业惯例，确保招标活动的合法性和规范性。如果您在具体项目中遇到相关问题，欢迎随时向我咨询。