签定公司分部合同在公司总部上班，一般没有影响。具体分析如下：
合同效力与劳动权利：
- 分部作为公司业务的分支机构，其员工通常也是与总公司签订劳动合同的。这意味着，无论你在分部还是总部工作，你的劳动权利都会得到保障，合同效力不受影响。
- 根据《劳动合同法》第十条，建立劳动关系应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系但未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立。这一规定适用于所有员工，无论其工作地点是在分部还是总部。
工作地点与合同履行：
- 签定公司分部合同但在公司总部上班，可能涉及工作地点的变更。然而，这并不意味着合同无效或劳动权利受损。只要双方同意并实际履行了合同，工作地点就不是决定合同效力的关键因素。
- 如果工作地点变更对员工的通勤、生活等产生了重大影响，且公司未提供合理的补偿或调整，员工可以与公司协商解决，甚至通过法律途径维护自己的权益。
法律建议：
- 在签定合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作地点、岗位职责、薪酬待遇等关键内容，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果在实际工作中遇到任何问题或纠纷，应及时与公司沟通解决。如果沟通无果，可以寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
综上所述，签定公司分部合同在公司总部上班，一般不会对员工的劳动权利和合同效力产生影响。但员工应关注合同条款和实际工作中的变化，及时维护自己的合法权益。