针对您提出的问题“女儿跟着爸爸户口，父亲是合法人，怎么处理”，我理解您可能是想询问关于女儿户口跟随父亲，且父亲为户主时的相关处理事项。以下是对此问题的详细解答：

首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国户口登记条例》，户口登记以户为单位，同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。因此，在女儿跟随父亲户口，且父亲是户主的情况下，父亲有权对女儿的户口进行一定的管理。

具体来说，如果父亲希望将女儿的户口迁出，他需要按照户籍管理的相关规定进行办理。这通常包括向当地公安机关提交相关申请材料，如户口簿、身份证等，并遵循一定的办理程序。需要注意的是，如果女儿未成年，那么迁出户口需要遵循更加严格的规定，通常需要父母双方共同同意，并可能需要提供离婚协议书、法院判决书等法律文件。

另一方面，如果父亲希望保持女儿的户口在当前家庭户口中，那么无需进行特别处理。只要确保户口簿上的信息准确无误，且符合当地户籍管理的相关规定即可。

此外，还需要注意的是，户籍管理涉及到公民的基本权利和义务，因此在进行任何户籍变动时，都需要谨慎对待，并确保符合相关法律法规的规定。如果父亲对户籍管理有任何疑问或需要进一步的帮助，建议咨询当地公安机关或专业的户籍管理机构。

总的来说，女儿跟随父亲户口时，父亲作为户主有权对女儿的户口进行管理，但具体处理方式需要根据当地户籍管理的相关规定和实际情况来确定。在进行任何户籍变动时，都需要遵循相关法律法规，并确保公民的合法权益得到保障。