针对“公司非法牟利员工怎么处理”的问题，这主要涉及到员工在公司非法经营或非法集资等活动中的法律责任和处理方式。以下是对此问题的详细解答：
一、员工处理的基本原则
知情与参与程度：
- 员工在公司非法活动中的知情程度和参与行为是决定其法律责任的关键因素。
- 对于完全不知情或未参与非法活动的员工，通常不会承担法律责任。
主观故意：
- 若员工明知公司在进行非法活动仍积极参与，或故意协助、掩护非法行为，则可能承担相应的法律责任。
- 若员工因不知情或误解而参与，且能证明自身无主观故意，则可能仅受行政处罚或免于处罚。
二、具体处理方式
普通员工：
- 对于未参与非法活动策划、组织、实施等关键环节，且对企业非法行为不知情的普通员工，一般不会被追究刑事责任。
- 这类员工在接受调查时，应如实说明情况，配合执法机关的工作。
积极参与员工：
- 若员工积极参与非法活动，如宣传推广、出谋划策、协助吸收资金等，并达到一定情节严重程度，则可能被认定为非法活动的共犯。
- 根据《刑法》相关规定，这类员工可能面临刑事处罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
- 同时，他们还可能承担民事责任，包括返还非法所得和对集资参与人的损失承担赔偿责任。
三、处理过程中的注意事项
证据收集：
- 在处理涉及公司非法活动的案件时，应确保所有相关证据得到妥善收集和保存。
- 证据是判断员工法律责任的重要依据，也是后续法律程序的有力支持。
配合调查：
- 涉案员工应积极配合执法机关的调查工作，如实提供所需信息和资料。
- 这有助于查清事实，维护自身合法权益，也可能减轻或免除法律责任。
法律与合规培训：
- 企业应加强对员工的法律和合规培训，提升他们的法律意识。
- 明确告知非法活动的严重后果，鼓励员工积极举报可疑行为。
四、总结与建议
对于公司非法牟利中的员工处理，应严格遵循法律法规，根据其知情程度和参与情况来区别对待。同时，企业应加强内部管理制度，完善法律与合规培训，预防非法活动的发生。员工也应提高警惕，增强法律意识，避免参与任何非法活动。若不幸涉及其中，应积极配合调查，如实说明情况，以维护自身合法权益。