船员证被老板扣留了并不是坐牢。坐牢通常指的是因犯罪被判刑后，在监狱中服刑的情况。而船员证被扣留，一般属于劳动纠纷或证件管理的问题，与刑事犯罪及刑罚无关。
首先，从法律角度来看，船员证是船员的职业身份证明，由相关海事管理机构颁发。老板无权随意扣留船员的船员证，这种行为可能构成对船员合法权益的侵犯。如果船员证被老板扣留，船员可以通过以下途径来维护自己的权益：
与老板协商：首先尝试与老板进行沟通，了解扣留船员证的原因，并表达希望取回证件的意愿。有时候，这可能只是由于误会或沟通不畅导致的，通过协商可以迅速解决问题。
向海事管理机构投诉：如果协商无果，船员可以向当地的海事管理机构投诉，反映老板扣留船员证的情况。海事管理机构会对此进行调查，并根据调查结果采取相应的措施。
寻求法律援助：如果船员认为自己的合法权益受到了严重侵犯，还可以寻求法律援助，通过法律途径来维护自己的权益。比如，可以向法院提起诉讼，要求老板返还船员证并赔偿因此造成的损失。
其次，需要明确的是，即使船员证被扣留，船员也不会因此而被判刑或坐牢。除非船员涉及了其他刑事犯罪活动，否则其人身自由不会受到限制。
综上所述，船员证被老板扣留并不是坐牢，船员可以通过上述途径来维护自己的合法权益。如果在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。