担保公司合同约定违约按照一年期贷款利率上浮百分之五十，这一约定在多数情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的产物，合同内容只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。
   • 违约金的约定属于合同自由原则的一部分，双方可以协商确定违约金的数额或计算方式。

2. 合同约定的合理性：

   • 担保公司作为专业的金融机构，在提供担保服务时，会评估借款人的信用状况、还款能力等，并据此确定违约金的计算方式。
   • 一年期贷款利率上浮百分之五十作为违约金的计算方式，可能是担保公司根据市场情况、风险管控等因素综合考虑后确定的，具有一定的合理性。

3. 违约金的调整：

   • 如果在实际履行过程中，违约金的数额过高或过低，导致双方权利义务严重失衡，一方可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
   • 法院或仲裁机构在调整违约金时，会综合考虑违约金的性质、功能、实际损失、预期利益、合同履行情况、过错程度等因素，作出公正合理的裁决。

4. 特殊情况下的合法性判断：

   • 如果担保公司利用自身优势地位，强迫借款人接受不合理的违约金条款，或者违约金条款存在其他违反法律、行政法规强制性规定的情况，那么该条款可能被视为无效。

综上所述，担保公司合同约定违约按照一年期贷款利率上浮百分之五十，在多数情况下是合法的。但具体是否合法，还需要结合合同的具体内容、双方的协商过程、市场情况等因素进行综合判断。如果对该约定存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师进行解答和处理。