针对“厂内吸烟企业是否可以对员工罚款”的问题，我们需要从法律层面、规章制度与劳动合同的结合、以及工作环境安全与健康等多个角度进行综合分析。

首先，从法律层面来看，工厂作为非行政机关，并不具备直接的行政处罚权。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政处罚只能由具有行政处罚权的行政机关实施。因此，从严格的法律意义上讲，工厂直接对员工处以罚款（作为行政处罚）是不合法的。

然而，在实际操作中，工厂为了维护工作环境的安全与健康，通常会制定一系列的规章制度，其中包括在特定区域（如生产车间、宿舍等）禁止吸烟的规定。这些规章制度的制定需要遵循合法程序，如经过民主程序制定，并确保内容不违反法律法规。员工在入职时或通过劳动合同等方式，会被告知并同意这些规章制度。

当员工违反禁止吸烟的规定时，工厂可以依据合法的规章制度采取合理的处理措施。这些措施可能包括扣除绩效奖金、给予警告、甚至解除劳动合同等，但并非直接罚款。这种处理方式是基于双方约定和管理需要，通常被视为合法。

当然，如果工厂没有相关合法有效的规章制度支撑，或者规章制度未经过合法程序制定、内容违法，那么对员工的任何处罚行为（包括罚款）都是不合法的。此外，如果罚款过重、不合理，或未事先与员工约定，也可能构成不合法行为。

因此，对于“厂内吸烟企业是否可以对员工罚款”的问题，我们不能一概而论。工厂需要确保规章制度的合法性、有效性和透明度，并避免直接以罚款作为管理手段。而员工也应了解并遵守工厂的规章制度，如有疑问或认为受到不公正对待，可以向劳动部门投诉或寻求专业法律人士的帮助。

综上所述，工厂在特定区域禁止吸烟并采取合理处理措施是合法的，但直接对员工罚款则需要谨慎对待，并确保符合相关法律法规和规章制度的要求。